Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Модели кальциевой активности в астроцитах (Mechanism-based (Новые…
Модели кальциевой активности в астроцитах
Mechanism-based
Новые механизмы
NCX
Точечная модель
способность к frequency modulation and amplitude modulation,
влияние аллостерической регуляции NCX натрием и кальцием.
Note: See DePitta,...,Ben-Jacob (2008)
PhysRevE
Какие еще (интересные) режимы работы возможны?
распределенная модель
Как NCX влияет на
распространение
кальциевых транзиентов?
Как NCX влияет на частоту инициации и регулярность кальциевых транзиентов?
TRP-каналы
TRPA
TRPC
TRPV
Описание шаблона одиночной клетки
Что улучшить в описании модельного пространства?
3D
Ввести понятие
SVR
: surface to volume ratio — будет определять (как continuous variable, а не бинарно, как раньше) вклад ER и PM-механизмов
ввести понятие
AVF
: astrocyte volume fraction
Сома и основные ветки (внутри) содержат только астроцит. Область тонких отростков содержит весь локальный нейропиль, соответственно доля объема пикселя, приходящаяся на астроцит меньше единицы
Влияет на описание диффузии: если AVF =1 DCa выше, чем когда AVF << 1
Влияет на описание диффузионного обмена:
небольшое изменение концентрации в области AVF может вызвать большее изменение концентрации в области с низким AVF
[low priority] Анизотропная диффузия: возможно, DCa может быть быстрее по направлению к соме, чем от нее.
Новые подходы к созданию пространственных шаблонов
использовать тот же алгоритм, что и для поодготовки к Sholl
моделирование сети клеток
Возникновение повторяющихся последовательностей (паттернов) активации клеток
Если сделать шаблон из идентичных клеток, будет или не будет возникать устойчивая последовательность с ведущим центром?
Как на это влияют свойства gap-junctions?
Сейчас в модели мы их разбрасываем случайно вдоль границ клетки с определенной вероятностью
Если не возникает, какое элементарное изменение морфологии можно добавить в один из элементов, чтобы он стал ведущим центром и появился устойчивый паттерн?
Если все-таки возникает, то где и почему?
Если сделать гетерогенный шаблон, но варьировать плотность gap-junctions?
Если сделать несколько гетерогенных шаблонов из одинаковых клеток, которые отличаются только распределением gap-junctions (с одной вероятностью, но разный random seed) — будет ли всегда одна и та же клетка становиться ведущим центром?
statistical/stochastic
Задача:
создать формализованную статистическую модель кальция в астроцитах. Что-то такое же простое, как AdEx neuron, но адаптированное к астроцитам
Можно ли описать локальную кальциевую динамику в астроците как авторегрессионный процесс с переменным коэффициентом?
переделать имеющуюся модель на numba.cuda
Data-driven
Dynamical Mode Decomposition
Нужно попытаться адаптировать метод DMD для описания и интерпретации реальных экспериментальных данных на астроцитах.
Поиск устойчивых пространственно-временных мод
DMD with unknown (but sparse) input
Задача:
фитировать упрощенные модели к реальным экспериментальным данным и gain insight from it