La disputa iniziale tra le due chiese era quella del Filioque, nella chiesa d'Occidente si professava la dottrina della derivazione dello Spirito Santo non solo dal Padre, ma anche dal Figlio: qui Patri Filioque procedit. La questione, già iniziata con Fozio (858-886), fu abbandonata. I problemi di fondo erano, però, politici: l'ingerenza della Chiesa romana nel patriarcato costantinopolitano. Il Papa era uno dei 5 patriarchi, il primo (Rm, Cost. Antiochia, Alessandria, Gerusalemme) e in virtù di questo tendeva a prevalere sulle altre.
La questione riemerse quando alla guida delle due Chiese vennero a trovarsi prelati intransigenti: papa Leone IX e il patriarca di Costantinopoli, Michele Cerulario. Da Roma fu inviata una delegazione per appianare i contrasti. I legati papali deposero sull'altare di S. Sofia la bolla di scomunica del Cerulario, che a sua volta scomunicò il papa e convocò un concilio delle Chiese di Oriente che si definirono ortodosse (che segue la retta opinione).
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