Tijela u Sustavu upravljanja i kontrole za provedbu Programa »Program prekogranične suradnje Mađarska – Hrvatska«, »Program prekogranične suradnje Slovenija – Hrvatska«, »Program prekogranične suradnje Italija – Hrvatska«, »Program transnacionalne suradnje Središnja Europa«, »Program transnacionalne suradnje Mediteran«, »Program transnacionalne suradnje Dunav«, »Jadransko-jonski program transnacionalne suradnje«, »Program međuregionalne suradnje INTERREG EUROPE«, »Program međuregionalne suradnje INTERACT«, »Program međuregionalne suradnje URBACT« te »Program međuregionalne suradnje ESPON»