Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Metodik inom oral mikrobiologi (Generella arbetsmetoder (Artbestämning…
Metodik inom oral mikrobiologi
Det är svårt att kartlägga en individs orala mikroflora
hög artdiversitet
är svårodlande/går inte att odla i labb
växer långsamt på labb
oklarhet runt klassifikation
Prov från lokal munhåla (salivprov=mix av allt, övergripande bild av den orala mikroflorans innehåll, bra för att identifiera karies bakterier, streptokocker-mutans)
odling
vidare gramfärgning
identifiering med biokemiska tester
selektivt medium, TBV-agar för AA / A.actinomycetemcomitans. RSL för laktobaciller. MSB för mutans-streptokocker, karieskopplade.
en anaerob platta och aerob platta
bakterier kan isoleras för senare karaktärisering, och kvantifiering är enkel
många baktereier i munhålan som ganska svåra/omöjliga att odla, tar TID
molekylärbiologisk (billigast)
kollar mestadels på RNA men även DNA
analys av makroorganismer
kollar proteiner (vad gör bakterien i provet)
PCR (kopiera 16S-rRNA-gen via specifika/ospecifika primers som matchar sekvensen i början till slut av den gen man vill kopiera)
detektera och kvantifiera mängden antikroppar i serum/saliv..
ELISA
kan hitta även svårodlade bakterier, snabb metod
man vet inte om bakterien är levande eller död
direkt mikroskopi - ger direkt övergripande bild av innehållet utan att bearbetnng av detta krävs, ljusmikroskåpi.
Konfokalmikroskåpi som mikroskåperar på djupet 3D-struktur
Vad man kan utläsa är hur bakterien ser ut (även svårodlade), men ingen artspecifik märkning ex.fluorescensmikroskåpi
Tandköttfickan, parodontit accocierade bakterier, spiroketer, P.gingivalis (svart prick och är obligat anaerob) A.actionomycetemcomitans... (svårodlade, och dekteras av mikroskåpi)
väljer 6 av de djupaste, mest inflammmerade tandköttfickorna med parodontal nedbrytning
obligata anaerober
slemhinna, identifiera mikroorganismer som ej är vanliga i den orala mikrofloran, såsom svamp eller enterokocker, enterobakterier (tarmbakterier), topsar via en bommulstuss
Rotkanalen, måste jobba med rotkanalen sterilt annars måste rotfyllning göras. Ex sterila paperpoints och fylls sedan med steril fysiologisk koksaltslösning, detta kan tas för att överföra provet till undersökning. Actinomyces-arter har påvisats i infekterade rotkanaler, extra svårt att få bort enterokocker
Funtionella studier
Flödescell, reaktorkammare som används kontinuerligt kunna följa tillväxt av orala bakterier i biofilm. Mata den kontinuerligt med näring
In situ modeller, bärs i munnen av frivillig och låter den växa för att senare ta bort och analysera kolonisation av mikroorganismer
djurstudier, bakterie-värd interaktioner som av etiska skäl inte går att utföra på människan ex exprement som inkluderar parodontit
Generella arbetsmetoder
PCR eller qPCR (är flourocens baserad, tillför färg för att vidare via ett diagram och identifiera grafer med färg
DNA sekvensering (kemisk arbetsmetod)
Hybridiseing (hittar det man från början redan visste att det finns för bakterie-arter, är därmed begränsad)
Masspektrometri (Joner som produceras i gasform, får accelerera genom ett elektriskt fält för att vidare detektera deras massa och laddning
Artbestämning baserat på 16s rRNA gener (dessa gensekvenser innehåller starkt konserverade men också hypervariabla regioner)
FISH
detta sätt sedan i
qPCR
. öppen med sina unerversiella primers, dvs är inte lika begränsad
mikrobiomsekvensering - HOMD - målet är att samla all genom-sekvens-information från orala mikroorganismer i en och samma databas
Typning - få fram ribotyp - används vid brottplats eller faderskapstest, då barnet får detta från mamma och pappa, dvs får samma ribotyp -
RFLP
eller
MLST
Polymorfier - där arter ser lite olika ut
Frågor
Hur kan man studera var mikroorganismer växer i, plackbiofilmen och hur mycket det finns av dem, (även icke odlingsbara)?
FISH-metoden